Соединённые провинции Центральной Америки (1823-1840)

Флаг основан на флаге Соединенных провинций Рио-де-ла-Плата, поскольку лидер независимости Центральной Америки Мануэль Хосе Арсе и Фагоага, в благодарность, принял цвета и форму флага, который нёс фрегат «Ла Аргентина» под командованием франко-аргентинского корсара Иполито Бушара, напавший на роялистов, дислоцированных в Центральной Америке. Флаг был изготовлен женой Арсе Фелипой Аразаменди и ее сестрой Антонией Мануэлу и был освящен 20 февраля 1822 года.

Когда война за отделение от Мексики закончилась и старые колониальные провинции Сан-Сальвадор, Гватемала, Комаягуа, Никарагуа и Коста-Рика были объединены в новое государство под названием Соединенные провинции Центральной Америки, флаг Арсе был официально принят 21 августа 1823 года. Флаг соединенных провинций содержал в центре национальный герб. Военный флаг носил золотые буквы с девизом «БОГ СОЮЗ СВОБОДА».

В 1824 году была принята новая конституция, вступившая в силу с 1825 года, которая изменила название страны на Федеративную Республику Центральной Америки. Флаг был снова принят без каких-либо изменений, за исключением щита, который превратился из круглого в овальный.

После того как Федеративная Республика была распущена в 1839 году, каждая из стран, входящих в ее состав, единогласно приняла белый и синий цвета с незначительными изменениями по сравнению со своими соседями, которые в целом относились к национальному гербу, расположенному в центре.

В XIX веке было предпринято несколько попыток восстановить союз, но ни одна из них не стала успешной на длительный срок: первая попытка была в 1842 году, вторая в 1852 году и третья попытка в 1896—1898 годах, когда существовала Великая республика Центральной Америки — союз Гондураса, Никарагуа и Сальвадора.

В 1852 году во время второй попытки Гондурас, Сальвадор и Никарагуа приняли решение, что флаг будет состоять из трех горизонтальных полос сине-бело-синего цветов с гербом страны в центре. Щит герба был похож на предыдущий щит, будучи окруженным названием государства и состоящим только из трех вулканов, представляющих три страны-члена федерации.

20 июля 1895 года Гондурас, Сальвадор и Никарагуа подписали договор в Амапале о создании Великой республики Центральной Америки.

Дизайн флага был почти таким же, как в 1852 году, но теперь название государства изменилось и количество вулканов снова стало равным пяти. Некоторые версии показывают пять желтых звезд, относящихся к первым пяти членам федерации.

Союз был распущен, когда генерал Томас Регаладо захватил власть в Сальвадоре 21 ноября 1898 года.

До распада Федеративной Республики Центральной Америки входило в её состав как шестой по счёту штат. Лос-Альтос до конца оставался верным Федеративной Республике, но, поскольку в результате гражданской войны Федерация распалась, Лос-Альтос объявил себя независимой республикой 2 февраля 1838 года. Утверждённый флаг Лос-Альтоса был модификацией флага Федеративной Республики.

В 1840 году Государство Лос-Альтос было разделено между Мексикой и Гватемалой. В 1844, 1848 и 1849 годах на территории Лос-Альтоса вспыхивали восстания за независимость, но все они были подавлены.